始源153年10月15日，摩罗旧教召集各个帝国的皇室，举行了一场特别的会议，会议当中，就各个帝国国内出现的组织做出了特别的指示。
11月8日，在会议结束不到一月的时间，整个摩罗旧教国家，除了德勒姆帝国和正在发生战争的维拉帝国以及在会议之前就开始行动的塞尔比帝国外，剩下的七个国家同时开始清理国内隐藏的祸患。
各个组织都遭受了不同程度的损失，大量几乎公开活动的组织成员被逮捕，同时，少量秘密活动的成员受到了牵连。
旧教国家的大肆发动，让原本欣欣向荣的各个国家组织陷入了低潮，不得不转入地下活动。
一些选择投机的人士趁机脱离，甚至有反叛者，让各个组织都遭受了严重的打击。
整个旧教联盟的国家，都因为这一次的大清洗陷入一片动荡之中，按说，这一次的动荡，是新教国家与博格教国家趁机打击旧教联盟国家的好机会。
但在这一次，这两个国家不但没有发动，反而也同时开始了对自己国内的审视。
博格教国家还好，至少在他们的联盟之中，还没有发生国家分裂的事情。
而新教国家就不同了，他们联盟之内，也出现了一个另类的国度，那就是科林勒共和国。
这个国家的出现，让新教国家联盟的警惕心大大的增强，并不会比旧教国家少多少。
所以，在始源153年12月21日，也就是旧教联盟国家开始清洗国内组织两个月后，新教联盟国家也同时开始了对国内组织的清洗。
大量的战争资源投入到这股大清洗当中，这让新教国家联盟内的组织，也遭受了极大的打击。
当然，因为有旧教联盟国家的清洗预警在前，新教联盟国家内的组织，保留下了更多的力量。
清洗风潮愈演愈烈，到始源154年1月25日，博格教七国也加入了清洗当中。
曾经看似一片欣欣向荣的种子组织，在数月之间，遭受了巨大的损失。
但有损失，也有收获。
首先，效仿兰斯共和国的组织，损失是最大的。毕竟他们的根本就在这些国家之中。
不过经过数十年的发展，几乎每一个效仿兰斯共和国的组织，都有了一个自己可靠的根据地。
虽然大清洗让组织损失惨重，但核心成员并没有受到威胁，同时又有根据地的存在，所以即便削弱了许多，但不失根本。
而对于效仿维拉人共和国的组织来说，其实这些帝国的清洗和扫荡，说不准反而是一种反向的帮助。
例如旧教联盟的塞尔比帝国，其组织刚好就是在本土之外建国，虽然塞尔比帝国的清洗让他们在帝国内发展的势力遭受了一定的损失，但塞尔比共和国却得到了极速的发展。
原本只有一千七百多亿人口的塞尔比共和国，在短短的几个月内，人口暴增到四千六百多亿。
但类似塞尔比共和国这样的，毕竟还是有损失，收货最大的，还要属学习科林勒模式的两个组织。
原本这两个组织，因为起义失败，已经相当于苟延残喘，对于那两个帝国来说，实际上是最安稳的。
但没有这样的组织，也有其他势力庞大的秘密组织，他们的清洗让这些组织变得更为隐秘之外，同时也意外的让这两个组织吸纳了不少的人员，反而重新恢复了活力。
总之，看起来声势浩大的清洗行动，对特区投放的种子建立的势力，有一定的削弱，但实际上并没有影响到根本。